1896 wurde die erste Bugenhagenkirche erbaut und 1941 abgerissen (sie sollte einer Erweiterung des Marinearsenals weichen, die nie erfolgte).
Nach einer kirchenlosen Zeit erhielt die Bugenhagen-Gemeinde 1948 vom Schweizer Kirchlichen Hilfswerk eine Notkirche aus Holz. Die Bugenhagenkirche in Kiel-Ellerbek wurde 1961 geweiht.
Die schlichte Eleganz des Kirchenschiffes unterstreicht die Schönheit des Altarfensters, das vom Fußboden bis zur Decke reicht und in Kreuzform erstellt ist.